La prima formazione comprendeva Paolo Cantù (precedentemente chitarrista del gruppo industrial Tasaday, poi membro dei Six Minute War Madness e degli A Short Apnea) alla chitarra, Lorenzo Olgiati al basso, Alessandro Pelizzari alla batteria, poi sostituito da Max Donna. Il nome del gruppo voleva essere un omaggio ai Velvet Underground di Lou Reed, autori della canzone omonima.

L'esordio avviene con il 45 giri My bit boy del 1987, seguito, un anno più tardi, dall'LP All the Good Children Go to Hell, entrambi prodotti e diffusi dalla Toast Records. La scelta è quella di cantare in lingua inglese. Le maggiori influenze musicali del gruppo sono invece rappresentate da Velvet Underground e Television. L'album, interamente scritto da Agnelli, venne presentato a Torino nei primi di luglio con un concerto al parco della Pellerina, tenuto insieme a due gruppi compagni di etichetta, gli Statuto e i Powerillusi.

Il 1990 è un anno importante per la band, a cominciare dal cambio di etichetta: gli Afterhours passano dalla Toast Records alla Vox Pop. Nello stesso anno il gruppo partecipa all'album tributo ai Joy Division edito dalla Vox Pop Something about Joy Division, con la rilettura della canzone Shadowplay, reinterpretata in chiave acustica. Ma soprattutto il 1990 è l'anno del primo album, During Christine's Sleep, caratterizzato da atmosfere introspettive e sofferte, in un gioco di chiaroscuri che comunque non disdegnano determinati passaggi ruvidi. Si fanno notare quindi nella scena rock italiana e non solo, visto che vengono invitati, grazie anche all'influenza della rivista statunitense Alternative Press, a rappresentare l'Italia al New Music Seminar di New York.

Dopo il mini LP Cocaine Head del 1991, primo lavoro con Giorgio Prette alla batteria e che vede la presenza di Cesare Malfatti alla chitarra[4], gli Afterhours suonano anche a Berlino, in occasione dei Berlin Indipendence Days. Ritornano quindi in studio per registrare l'album Pop Kills Your Soul, che vedrà la luce nel 1993. Questo lavoro vede anche per la prima volta nella band la presenza del chitarrista Xabier Iriondo, mentre lasciano il gruppo Cantù e Olgiati. Alcune tracce saranno riprese, tradotte ed incluse nel successivo album intitolato Germi, primo disco in italiano della band.

Nel 1993 gli Afterhours cantano per la prima volta in italiano, proponendo una interpretazione di Mio fratello è figlio unico, inclusa nel disco tributo a Rino Gaetano (e successivamente nel loro successivo album Germi) legato ad Arezzo Wave di quell'anno. Seguirà anche la registrazione de La canzone popolare per l'album tributo a Ivano Fossati I disertori (1994, Columbia Records).

È proprio con l'album Germi del 1995, il primo cantato in lingua italiana, che emergono chiaramente le caratteristiche tipiche che faranno la fortuna della band: suono diretto, talvolta con inaspettate aperture melodiche, talvolta squisitamente punk, ispirazioni noise, psichedeliche, post-punk e post-grunge, ma anche extra-musicali con elementi burroughsiani e dadaisti, liriche anarchiche, a volte sarcastiche, beffarde e sensuali. È un album molto sperimentale e dirompente, dove l'uso del cut-up alla Burroughs viene usato forse in modo più massiccio.

Intanto arriva la consacrazione definitiva degli Afterhours quando Mina inserisce nel suo album Leggera una reinterpretazione di Dentro Marilyn dell'album Germi, reintitolata Tre volte dentro me.

Un'immagine dell'esecuzione di Terrorswing dal tour Hai paura del buio? 2014, in cui la band suona con le maschere di Pluto come nel tour del 1997
A distanza di due anni, nel 1997, la band produce quello che molti considerano il loro capolavoro: Hai paura del buio?, pubblicato dalla Mescal, è un lavoro più eclettico di Germi. In esso converge la furia hardcore (Lasciami leccare l'adrenalina e soprattutto Dea) il pop melodico (Voglio una pelle splendida), la sperimentazione (gli strumentali), il grunge deciso di Male di miele, l'hard rock (Veleno), le provocazioni di Come vorrei, gli accenni di space rock (l'inizio di Elymania) e ballate acustiche molto "sui generis" (Simbiosi). In mezzo anche tante distorsioni psichedeliche. Ogni canzone contribuisce a creare un insieme unitario di grande impatto. Anche all'interno di una stessa canzone si riscontrano più generi, come in Rapace o Punto g. L'album diventa presto una pietra miliare per gli amanti del rock alternativo italiano e riscuoterà un grande successo anche il tour successivo. Dopo questo album, il bassista Alessandro Zerilli abbandona il gruppo.